但學術查重并不可以鑒別所有的參考文獻，唯有相符格式的參考文獻才會學術鑒別出來，這也就說明唯有參考文獻的格式正規且準確的階段，學術才能夠將該部分參考文獻排除出查重范圍。所以學術查重不包含格式準確的參考文獻。
但最近導致好多碩士生研究生的論文參考文獻標紅的狀況，這主要有兩種類型緣由，首先是這種朋友的論文參考文獻的格式不正確，格式不正確的論文參考文獻，學術論文系統入口是不能鑒別的，只能作論文內容來查重，還有一項緣由是這種碩士生研究生使用的學術論文系統入口無非專業的，唯有專業的學術論文系統入口是有論文格式鑒別功能效果的，導致論文參考文獻標紅的碩士生研究生就要保證本人的論文格式是不是準確，使用的學術論文系統入口是不是專業。
綜上，學術查重并不包含參考文獻，學術查重一般來說只針對論文的提要部分、外語提要部分、內容部分及附錄部分來查重，而參考文獻并不會在學術查重范圍之中。所以，論文作者大可不必著急因就要羅列很多參考文獻在論文當中。
但，唯有專業的學術方可鑒別參考文獻，并且其還有一個前置性情況是參考文獻格式準確，這也就說明論文作者必定到學術不端網的“學術查重入口”等專業的學術查重店鋪來查重，且要根據要求創寫參考文獻，保障學術會鑒別。
