學術參考文獻是是不會來查重的，但有學術論文查重心得的用戶都發現，學術論文檢測系統入口是根據自動識別論文格式，來購買需要來cnki論文查重的范疇，所以準確格式的參考文獻，學術論文檢測系統入口是會識別起來，不計入學術論文查重范圍內的。另，為何學術查重檢測報告當中部分階段會將參考文獻標紅呢？
這里有以下兩個理由，即第一個有可能論文作者選用了非正規的學術查重軟件對文章來查重，而這些非正規的學術查重軟件并非正規的學術查重，于是不能識別參考文獻，使得參考文獻標紅；二是論文的參考文獻格式不準確，使得學術查重軟件不能識別該部分參考文獻，進而將該參考文獻標紅，實際上，若該部分參考文獻格式準確就會被學術查重識別，進而是不會攬入查重涉及范圍是左右。
綜上，學術查重并不包括參考文獻，學術查重一般而言只針對論文的摘要部分、英文摘要部分、正文部分及附錄部分來查重，而參考文獻并不在學術查重涉及范圍是左右。因此，論文作者大可不必擔心因需要羅列眾多參考文獻在論文當中。
但，唯有正規的學術才能夠識別參考文獻，除此之外其還有的一個前置性條件就是參考文獻格式準確，這也說明論文作者應當到學術不端網的“學術查重入口”等正規的學術查重店鋪來查重，且要通過要求撰寫參考文獻，保障學術能識別。
