現在大多數學校正常來說使用到的論文查重系統都是不會算參考文獻部分的。 學校提供的論文格式是會有參考文獻格式的，要是比較擔心論文參考文獻這部分是否算重復字數，那么至少是要確定好論文格式是沒有任何問題的。 要是論文格式都出現問題的話，你又如何才可以確定自己論文查重率是可以降低的呢？
論文查重需要把參考文獻放進去，其目的有三即：為了能反映出真實的科學依據；為了體現嚴肅的科學態度，分清是自己的觀點或成果還是別人的觀點或成果；為了對前人的科學成果表示尊重，同時也是為了指明引用資料出處，便于檢索。
對于論文參與查重的部分而言，基本上所有內容都要進行查重（不排除所謂的引用）。 很多學生認為，論文寫作過程中只要把從參考文獻復制粘貼的內容加上參考引用（即右上角的標記）便可以避免被查重，對于這種情況，我只能很嚴肅地說，這種所謂的方法簡直是無稽之談，沒有任何作用。
論文的撰寫應本著嚴謹、求實的科學態度，凡有引用他人成果之處，均應按論文中所出現的先后次序列于參考文獻中，并且只列出正文中以標注形式引用或參考的有關著作和論文，參考文獻應按正文中出現的順序列出直接引用的主要參考文獻。 一般而言，無論是高校還是雜志社在對論文進行學術查重過程中，主要考慮的是論文的去除引用文獻的重復率部分，這也可以在學術檢測報告當中體現出來，學術報告當中有一個全文的重復率部分，還有一個部分是去除引用文獻的重復率部分，因此，一般而言，即使論文作者對其他論文進行引用，只要引用格式正確，一般都會被學術論文查重軟件自動識別為引用部分，以綠色字體標注，在去除引用文獻部分的重復率會有所體現。
