參考文獻應該不算，因為提供的參考文獻主要用于確定正文中重復的地方是否屬于引用。

做標記的地方應該就不算了吧。

首先可以明確清楚的是，碩士論文的正文是必查部分，除此之外，碩士論文內容的查重范圍還包括有論文封面、聲明、摘要、致謝、參考文獻和論文附錄等，如果將論文的開題報告也上傳了的話，也是會進行重復率檢測的。

對于碩士論文來說，檢測碩士論文重復率最準確的論文查重系統是學術VIP論文查重系統，學術的數據庫比對查重范圍由以下數據庫構成：中國學術期刊網絡出版總庫、中國博士學位論文全文數據庫/中國優秀碩士學位論文全文數據庫、中國重要會議論文全文數據庫、中國重要報紙全文數據庫、中國專利全文數據庫、學術論文聯合比對庫、互聯網資源、英文數據庫、港澳臺學術文獻庫、優先出版文獻庫、圖書資源、個人比對庫和學術論文聯合比對庫等。