為了從根本上解決農產品質量安全問題，2001年 4月，農業部啟動了《無公害食品行動計劃》，有力地推動了我國農產品質量安全工作的全面開展，農產品質量安全標準、檢測檢驗和認證體系建設取得了極大進展,但從總體上農產品質量安全問題仍然突出。 目前農產品生產經營管理主要仍沿襲計劃經濟時代的模式，農工商分離，產加銷脫節。 農產品質量安全管理權限分散在農業、貿易、工商、環保、衛生等不同部門，都依據相應的工作職能和行業法規，各自進行農產品質量安全管理、檢測。 這種多頭管理的現象導致部門職責不清，主體責任難以落實，管理脫節，不利于農產品質量安全管理工作正常開展。 同時，目前仍缺少對政府管制進行成本效益分析的制度化措施。
根據上半年農產品質量安全例行監測結果，畜禽產品、水產品、蔬菜合格率分別達到99.5%、95.8%和95.9%。 根據生鮮乳質量安全監測結果，29個省的3373批次生鮮乳樣品中三聚氰胺含量全部符合臨時管理限量值規定，13個奶牛主產省的903批次生鮮乳樣品中皮革水解蛋白檢測合格率均為100%。
(1)在農產品質量安全標準體系建設上，表現在制定和頒布主體分散化，標準交叉現象嚴重。 農業標準從計劃的提出、制定到審批發布涉及政府多個部門，部門職責不清，管理分散，相互掣肘，不僅導致管理的低效率，而且不可避免地造成技術標準重疊、交叉甚至技術內容矛盾的現象。 同時，標準制定不科學、透明度低，標準的有效性和實用性差，目前農產品質量安全標準制定的參與主體較少，標準的制定程序不規范，缺少向社會公開征求意見咨詢的過程。 (2)在農產品質量安全檢驗檢測體系建設上，一方面農產品生產經營者質量安全自檢能力薄弱。 農產品生產企業、批發市場、基地建立檢測點的建設仍不足，大部分生產經營者還沒有能力建立檢測設施 [3]。 一些質檢機構為獲取利益往往違背基本的職業操守甚至變成生產經營者欺騙消費者的工具。
根據國家農業部調查，2009年上半年，我國農產品質量安全總體形勢穩定。 根據上半年農產品質量安全例行監測結果，畜禽產品、水產品、蔬菜合格率分別達到99.5%、95.8%和95.9%。
