不過，學術查重并不是能甄別所有的參考文獻，唯有部分吻合樣式的參考文獻才會學術甄別，這也就表示唯有當參考文獻樣式規范且正確的時期，學術才能將該部分參考文獻排除在查重范疇以外。因此，能肯定的說，學術查重不包含樣式正確的參考文獻。
但是近來發送太多學校畢業生的畢業論文參考文獻標紅的情況，這重點有2種理由，首先是這些同學的畢業論文參考文獻的樣式不正確，樣式不正確的畢業論文參考文獻，學術畢業論文檢測系統入口是不能甄別的，只能作為畢業論文內容進行查重，有一項理由是這些學校畢業生應用的學術畢業論文檢測系統入口并無專業的，唯有專業的學術畢業論文檢測系統入口是具有畢業論文樣式甄別功能的，發送畢業論文參考文獻標紅的學校畢業生就要保證我自己的畢業論文樣式是不是正確，應用的學術畢業論文檢測系統入口是不是專業。
總的來說，學術查重時參考文獻基本上是不參與的，萬一參考文獻發送重復部分，則說明估計應用的查重軟件并無專業有效果的學術查重，這時候絕對在市場上找譬如”這種靠譜的學術查重網站進行畢業論文查重，若參考文獻仍舊發送重復，則說明參考文獻的樣式可以錯誤，學術查重不會自動檢測該部分為參考文獻部分，最后的，祝同學們都能輕松畢業。
