但是學術查重并不能夠辨別全部的參考文獻，唯有相符合樣式的參考文獻才會被學術辨別出來，這也就表明唯有參考文獻的樣式規范且準確的時期，學術才能夠將該部分參考文獻排出出查重范疇。故而所以學術查重不包含樣式準確的參考文獻。
其次，怎么學術查重報告文檔中一些時期會將參考文獻標紅呢？這有以下兩類緣由，即一是估計論文編者選用非正規的學術查重系統對論文進行查重，而這種非正規的學術查重系統并非正規的學術查重，故此沒有辦法辨別參考文獻，引起參考文獻飄紅；二是論文的參考文獻樣式不正確，引起學術查重系統沒有辦法辨別該部分參考文獻，進而將該參考文獻標紅，實際上，若該部分參考文獻樣式準確就會被學術查重辨別，進而是不能納入查重范疇左右。
綜上所述，學術查重并不包含參考文獻，學術查重一般而言只針對論文的摘錄部分、英語摘錄部分、內容部分及附錄部分進行查重，而參考文獻并不會在學術查重范疇左右。于是，論文編者不必擔憂因需要用到羅列非常多的參考文獻在論文中。
但，唯一僅有正規的學術才可辨別參考文獻，況且其還有的一個前置性情況是參考文獻樣式準確，這也就表明論文編者應該到學術不端網的“學術查重入口”等正規的學術查重平臺進行查重，且要根據要求撰寫參考文獻，保障學術會辨別。
